En el comienzo de la segunda temporada los que están secuestrados y detenidos son los Seres de Luz. Fueron al rescate de sus misiones y terminaron siendo atrapados ellos: todo había sido una trampa de Justo (Boy Olmi) para capturarlos. Luego de un buen tiempo de no saber nada de ellos, todos los seres humanos, ayudados por Fermín (Alejandro Botto) y su grupo de aliados, están abocados a la tarea de rescatar a los Seres de Luz. Los humanos han cambiado y ahora están listos para ser ellos los aliados de sus Aliados. Aunque este rescate tendrá sus complicaciones, notarán que lograrlo fue relativamente sencillo y esto profundizará los interrogantes: ¿cuál es el plan de Justo? ¿Quién es realmente? ¿Qué secreto oculta? ¿Cuál es su siniestro y misterioso plan? Para resolver este misterio jugará un papel central Joaquín (Pablo Martínez). También serán fundamentales las revelaciones de Devi (Carolina Domenech). Justo, además, infiltrará en el Arca a dos jóvenes: Bianca (Ingrid Garcia Jonsson), una española, y Milo (Joaquín Mendez), un hijo no reconocido. Estos dos jóvenes se entremezclarán con los demás, estableciendo nuevos triángulos amorosos. La carrera será contrarreloj. Justo tiene un plan letal, y está muy próximo a llevarlo a cabo. Los Seres Humanos, junto a los Seres de Luz, deberán descubrir cuál es ese plan y evitarlo a tiempo. Descubrirán, todos, que este fue el sentido de toda la misión. Pero una vez más, para poder salir del gran problema, deberán resolver primero sus pequeños grandes problemas, sus traumas, sus conflictos. Todos deberán enfrentarse a sus propios demonios, a sus miserias, a sus miedos y debilidades y resolver sus conflictos existenciales. Para así, estar listos. Ahora todos juntos, serán Aliados, todos juntos contra el gran enemigo, el líder de las sombras: Justo y su plan devastador.